正常情況下，子宮內膜位于宮腔，每個月隨著女性激素變化，周期性的增生、剝脫出血，血液通過陰道流出，形成月經。若是到了卵巢內也和正常子宮內膜一樣周期性增生、剝脫出血，但因為這些血沒法及時排出，血液中的水分被吸收，久而久之，形成類似巧克力樣糊狀陳舊性血性液體，顏色呈褐色，黏稠如糊狀，因此又形象地稱為“卵巢巧克力囊腫”。一般情況下，它們會越來越大，有時會在經期或經后發(fā)生破裂，但惡變率比較低。
一部分子宮內膜和出血順著通暢的輸卵管流到了盆腔，這些內膜生命力非常頑強，可以種植在腹膜上或者卵巢上，同樣受著周期性的雌激素和孕激素的聯合作用，也會增厚分泌形成肥沃的小片土壤，也會土崩瓦解脫落，從而形成小規(guī)模的“姨媽”，種植在卵巢上的異位子宮內膜，通過一次又一次的“姨媽”的積累，形成了囊腫，里面含有了深褐色的陳舊血液，類似于巧克力漿，所以稱之為巧克力囊腫。
當囊腫大到一定程度的時候會自發(fā)的破裂，較大的破裂時多量囊液流出會引起劇烈的疼痛，可能會誤診為盆腔炎，右側的巧克力囊腫破裂，還可能誤診為闌尾炎。有時候隱隱的小破裂常常會被忽略，但是日積月累會形成盆腔的粘連，盆腔粘連以及異位子宮內膜會引起盆腔的炎性因子活躍，也會影響精卵結合和受精卵著床，常常會引起不孕。
如果是比較大的巧克力囊腫、嚴重粘連影響輸卵管功能、手術以后半年還未懷孕，或者是高齡卵巢儲備功能不好，應該積極尋求輔助生殖治療。
